Sesuai dengan Surat Keputusan Menteri Keuangan No.503/KMK.01/1997 tentang Organisasi dan Tata Kerja Badan Pengawas Pasar Modal yang dikeluarkan pada tanggal 7 Oktober 1997, maka struktur organisasi dari Bapepam adalah :
 
 
 

			Ketua  Bapepam
				Sekretaris Bapepam
BIRO Perundang-Undangan dan Bantuan Hukum	BIRO Pemeriksaan dan Penyidikan	BIRO Pemeriksaan Keuangan Perusahaan I	BIRO Pemeriksaan Keuangan Perusahaan II	BIRO Transaksi Lembaga Efek	BIRO Riset dan Analisa Investasi	BIRO Standar Akuntasi